Байкальский государственный природный биосферный заповедник был создан 26 сентября 1969 года. Заповедная территория занимает центральный участок горного хребта Хамар-Дабан — всего около 167 871 га.
В 1986 году заповедник включили в международную сеть биосферных резерватов в рамках программы «Человек и биосфера» (МAB) ЮНЕСКО. В 1996 году Территория Байкальского заповедника и его охранной зоны включена в Список всемирного природного наследия ЮНЕСКО как элемент номинации «Озеро Байкал».