Большинство островов сосредоточено в центральной части озера. Здесь же располагается самый крупный из байкальских островов — Ольхон, самый популярный у туристов.
Следующим по популярности у туристов считается остров Огой, с построенной на нем в 2005 году Ступой Просветления;
Чивыркуйский залив с 5-ю островами является одним из любимых мест отдыха, сюда приезжают, чтобы отдохнуть на пляже и насладиться байкальской природой.
И, конечно же, известен архипелаг «Ушканьи острова» — включающий 4 острова, и по праву читающийся домом байкальской нерпы.
Из полуостровов самым известным является Святой Нос. Здесь можно искупаться в озере «Бормашевое», увидеть, а точнее услышать уникальное природное явление «поющие пески» и окунуться в горячий источник Змеиный.