透明的贝加尔湖水的深处隐藏着一个特殊而神秘的动植物水下世界。湖内不仅大约有60种的鱼类,还有其他很多不同寻常的初看根本不动的小型底栖动物也很有趣。
该湖整个水层的生物非常丰富:在水温比较温暖的浅水区有很多鱼类,深度比较大的地方也有鱼。使用科学家用水深设备进行探测后发现,即使在超过1000米深的水层也生长有贝加尔湖古代动物海绵。这些无脊椎生物的年龄已经超过300万年(根据一些研究甚至超过2000万年)。它们的古代古生遗体位于第三纪的黏土层里面。有趣的是经过数百万年后海绵仍没有发生变化,之前跟我们现在看到的一模一样。他们聚集在湖的水下岩石上建立自己怪异的殖民地,形成一道只有经验丰富的潜水员才能看到的亮丽风景。
贝加尔湖不仅有世界各地常见的针海绵科,但也有独一无二的只生活在贝加尔湖深处的柳博米尔斯基伊德(Lubomirskiidae)类海绵。这种海绵是1936年被P.D.列兹维科学家发现并记录的。特有的贝加尔湖海绵跟正常的海绵不同的是冬天在冷水中不会死亡,生存时间很长(10年以上)并可达到比较大的体积-海绵枝的长度可达1米。紧贴岩石的大量海绵集群构成树状网络类似于深海珊瑚。生活在水被阳光加热及有光照的浅水处土石里的海绵为翠绿色,这是因为它们身上生活着藻类。在藻类无法生活的深水中海绵是棕色,蓝色或无色的。
美丽的贝加尔海绵不仅用自己不同寻常的外观令游客和潜水者感到惊奇。它们在贝加尔湖的生态系统里还有一个更重要的功能:清洁湖水。湖水通过海绵整个表面上的孔透过被过滤及清洁。但自2011年起,环保科学家们开始发出警报:独特的贝加尔海绵生病了。首先它们失去了颜色,出现坏死的斑点,然后死掉。科学家认为这一情况发生同环境因素,水绵藻类的数量增加和人类活动的影响有关。
除了海绵以外,尽管湖底照光不足,水压很强,但还是有超过3500种扁形虫涡虫生活在这里。它们大部分是自由的蠕虫(非寄生),其尺寸可从微型到40厘米。大部分都是这里特有的,只生活在贝加尔湖中。它们作为许多贝加尔湖鱼的食物,又起到清洁湖水的作用,它们会以沉到湖底的其他生物的遗骸为食。
这边的湖水充满了能用显微镜观察到的微小的浮游生物。浮游生物主要是漂浮在水面里的微小动物和藻类。大量的浮游生物和小型底部动物给鱼类和其他动物提供了充足食物。所有的海洋和湖泊中都有浮游生物,但是贝加尔湖内的浮游生物也是独一无二的。
湖里主要的浮游生物是大小只有约1.5毫米的兴凯侧突水蚤类甲壳动物。然而,尽管尺寸微小,但它却是贝加尔湖中动物数量最多的代表:这种甲壳类动物占整个湖泊群约90%。像海绵一样小的贝加尔湖兴凯侧突水蚤在湖的生态系统中发挥着重要作用:它们也会清洁和过滤水。但这不是它唯一的独特功能:它同时也是食品链的一个重要环节,是著名的贝加尔湖贝加尔秋白鲑的主要食物(1公斤的秋白鲑,需要吃10公斤贝加尔湖兴凯侧突水蚤类甲壳动物)。
浮游生物不仅包括贝加尔湖兴凯侧突水蚤类甲壳动物,科学家最近还发现了更小的生物-超纳米浮游生物。这是些大小不超过几微米的微小藻类和细菌浮游生物。春季和夏季湖泊的不同部分有个有趣的现象 - 浮游生物开花。浮游生物的快速生殖会改变湖水的颜色,之所以称为开花。