水绵是一种双星藻科轮藻的丝状藻类。有些人认为，贝加尔湖的一个季节里特殊的温暖天气条件是水绵繁殖的原因。然而，随着天气逐渐变冷，丝状藻类的数量根本没有减少。冰水没有成为在湖上形成厚厚的绿色层的障碍。

另外一些人认为水被水绵覆盖的原因跟贝加尔湖地区的生态状况的急剧恶化有关系。安装在附近的污水处理设施早就过时了，而且不能应付当前的任务。这些设备需要紧急更新。